Zu Grunde gelegt werden (wie bei der Stufentheorie) die leitereigenen Dreiklänge. Die Funktionsbezeichnungen verdeutlichen die nach der Funktionstheorie beiden wichtigsten Harmonieverwandtschaften:

1.) die Quintverwandtschaft und die Terzverwandtschaft,
2.) das Tongeschlecht (Dur - Moll) des jeweiligen Akkordes.

Die Wichtigsten Funktionen sind sie Hauptfunktionen: Tonika, Dominante und Subdominante.
Sie sind untereinander quintverwandt.
(Im Dur sind dies die einzigen Dur-Akkorde der leitereigenen Dreiklänge.)

Jede der Hauptfunktionen hat eine Nebenfunktion, ihre Parallele. Haupt- und Parallelfunktion sind terzverwandt. Sie sind immer unterschiedlichen Tongeschlechts. Ihre Verwandtschaft entspricht den Dur-Moll-Parallelen des Quintenzirkels.
Die Tonika hat außer dem einen sogenannten Gegenklang. Der Tonikagegenklang ist im Vergleich zur Tonikaparallele immer in umgekehrter Richtung terzverwandt zur Tonika.

Für einfache Funktionssymbole gilt folgende Regel:
Große Buchstaben stehen die für einen Dur-Akkord, kleine für einen Moll-Akkord:

T = Dur-Tonika, t = Moll-Tonika

Für Funktionssymbole mit zwei Buchstabe gilt folgende Regel:
Leitet sich von einer Dur-Hauptfunktion eine Moll-Nebenfunktion ab, so wird für die Bezugsfunktion (Dur) ein großer Buchstabe, für den Nebenfunktions-Akkord (Moll) ein kleiner Buchstabe notiert,
z.B.: Tp, Tg, Sp.
Leitet sich von einer Moll-Hauptfunktion eine Dur-Nebenfunktion ab, so wird für die Bezugsfunktion (Moll) ein kleiner Buchstabe, für den Nebenfunktions-Akkord (Dur) ein großer Buchstabe notiert,
z.B.: tP, tG, sP.

Hier eine Übersicht über die wichtigsten Funktionen:

Dreiklangstabelle in Dur

Dreiklangstabelle in Moll

Da es drei verschiedene Moll-Tonleitern gibt (natürlich, harmonisch, melodisch) und dadurch der sechste und siebente Tonleiterton wechseln, sind die leitereigenen Dreiklänge in einer Moll-Tonart nicht eindeutig bestimmbar.

Besonderheiten die Dominante und die Nebendreiklänge in Moll betreffend sind im Kapitel Die Kadenz in Moll und Parallelfunktionen in Moll näher erläutert.

Für die Notation von Akkord-Umkehrungen ist die Stellung entscheidend (siehe Die Stellung und Die Umkehrungen des D ⁷).

Nicht leitereigene Akkorde sind meistens Zwischendominanten. (Siehe auch Notation von Alterationen.)

In der Funktionstheorie werden niemals Grundtöne alteriert.